L’IGP est organisée en quatre départements :
- Le département « enquêtes administratives et enquêtes judiciaires » chargé de l’exécution d’enquêtes administratives et judiciaires;
- Le département « contrôles et audits » chargé de la réalisation d’avis, d’audits et des suivis décisionnels de la Police, ainsi que des opérations de contrôle thématiques portant sur certaines activités de la Police, tels les contrôles des lieux de privation de la liberté, des missions du maintien de l’ordre et des mesures de police administrative;
- Le département « études» auquel il incombe, en sus, de la réalisation d’études, de rédiger annuellement un rapport détaillé destiné au Ministre reprenant les constatations faites et les recommandations émises par l’IGP tout au long de l’année dans le cadre de ses différents domaines d’activité;
- Le département « instructions disciplinaires » qui mène des instructions (enquêtes) dans les affaires disciplinaires initiées par le Directeur général de la Police.
L’IGP dispose par ailleurs d’un service « administration », d'un service « formation » et d'un service « juridique ».
